Fondurile de la bugetul de stat vor fi gestionate de catre directorii centrelor judetene din structura Agentiei de Plati pentru Agricultura, iar administrarea cotei de lapte trece de la Agentia pentru Ameliorare si Reproductie in Zootehnie la Agentia de Plati pentru Agricultura. Prin modificarea Legii 1/2004 privind infiintarea APIA, sucursalele judetene ale Agentiei se transforma in centre judetene, ai caror directori vor fi responsabili de gestionarea fondurilor de la bugetul de stat, cu exceptia cheltuielilor prefinantate si cofinantate prin schemele de plata FEGA (Fondul European pentru Garantare Agricola) si a schemelor de plata FEADR (Fondul European pentru Dezvoltare Rurala). APIA are in structura 42 de centre judetene, cu personalitate juridica, conduse de directori numiti prin decizia directorului general, iar structura organizatorica si regulamentul de organizare si functionare ale acestora se aproba printr-un ordin al ministrului Agriculturii si Dezvoltarii Rurale.Printre noile atributii ale APIA, conform ordonantei, se numara gestionarea cotei de lapte, detinuta in prezent de Departamentul de administrare a cotei de lapte din cadrul Agentiei Nationale pentru Ameliorare si Reproductie in Zootehnie "Prof. Dr. G. K. Constantinescu", aflata in subordinea MADR. In cazul depasirii cotei de lapte alocate, Romania plateste o penalizare catre Comunitatea Europeana. Taxa se plateste in termenele stabilite conform reglementarilor UE, in intregime, de catre cei care contribuie la depasirea componentelor cotei. Executivul a motivat preluarea acestei activitati de catre APIA prin interdependenta activitatilor de administrare a cotei de lapte, de sustinere financiara si a celei de interventie si promovare de masuri comerciale pentru piata.