Potrivit cotidianului, mai multi preoti din dioceza Plock, condusa in acea perioada de Wielgus, "sunt acuzati de hartuire sexuala si violuri". "In iulie, politia l-a arestat pe preotul Jaroslaw N. In calculatorul sau, politia a gasit fotografii pornografice cu copii. Preotul a fost inculpat pentru propagarea pedofiliei", a informat cotidianul.

Potrivit cotidianului, Wielgus, ca si alti prelati din dioceza sa, era la curent cu problema, dar a minimalizat-o. In 2002, dezvaluirile facute de acelasi cotidian au dus la demisia lui Juliusz Paetz, arhiepiscop de Poznan, acuzat de hartuirea sexuala a unor seminaristi. Desemnat arhiepiscop de Varsovia, Wielgus a fost constrans sa demisioneze la cateva ore dupa ceremonia de investire, dupa ce presa a dezvaluit ca a colaborat cu serviciile secrete comuniste.
Potrivit unor documente, Wielgus a colaborat cu SB timp de 20 de ani, din 1967 pana in 1987. Papa l-a numit sambata in functia de arhiepiscop de Varsovia pe Kazimierz Nycz, in prezent episcop al diocezei Koszalin-Kolobrzeg.