Ultimii ani din viața prințesei au fost afectați de boală și de invaliditate. În data de 5 ianuarie 1985 a suferit o operație prin care i s-a scos plământul stâng. În 1991 a reușit să renunțe la fumat, dat a băut în continuare prea mult. În ianuarie 1993 a fost internată în spital cu pneumonie, iar în 1998 a suferit un accident vascular. Din acel moment, sănătatea sa s-a șubrezit din zi în zi. Ultimele sale apariții publice au avut loc în vara lui 2001, cu ocazia aniversării oficiale a mamei ei, care atunci împlinea 101 ani, apoi la aniversarea a 100 de ani a mătușii sale, prințesa Alice. Margaret a murit la două luni distanță de acest eveniment, la vârsta de 71 de ani, după ce a suferit un alt accident vascular. Față de alți membri ai familiei regale, prințesa a fost incinerată la crematoriul Slough și cenușa i-a fost depusă în mormântul părinților ei.

S-a stins fără să iubească, au spus unii, fiindcă toată viața a fost urmărită de neșansă în amor. În octombrie 1959 a primit o scrisoare de la Peter Townsend, un posibil viitor partener, prin care era anunțată că se va căsători cu o tânără belgiană. Atunci, Margaret a decis să se mărite cu fotograful Antony Armstrong-Jones, singurul fiu al avocatului Ronald Armstrong. A primit acordul reginei, așa că ceremonia a avut loc în 6 mai 1960, la Westminster Abbey. În 1961, soțul prințesei a fost numit Conte de Snowdon. Rodul iubirii lor sunt David, Viconte Linley, născut în 1961, și Lady Sarah, născută în 1964. Relația nu a fost atât de frumoasă pe cât a părut. Margaret uita să mai treacă pe acasă, fiind plecată adesea la petreceri, iar Antony îi era infidel, atât cu femei, cât și cu bărbați. În 1976, Margaret și Antony și-au anunțat oficial despărțirea, iar în vara anului 1978 divorțul se finalizează. Câteva luni mai târziu, bărbatul se recăsătorește cu Lucy Lindsay-Hogg.