Luni, 5 iunie 2006, a fost termenul-limita pana cand toate asociatiile nationale afiliate la UEFA au fost nevoite sa comunice forului fotbalistic european numele echipelor din tarile respective care vor lua parte la competitia amintita.

Gruparea constanteana a fost desemnata de FRF deoarece, dintre echipele care si-au manifestat dorinta sa participe la Cupa UEFA-Intertoto, FC Farul este cel mai bine clasata dupa disputarea etapei a 29-a a campionatului national Divizia A, editia 2005-2006, una dintre conditii fiind clasarea pe una dintre cele patru pozitii de sub ultima echipa calificata in Cupa UEFA.

In primul tur al Cupei UEFA-Intertoto, FC Farul va intalni reprezentanta Macedoniei (Pobeda Prilep - n.r.). Mansa intai se va disputa in Macedonia, pe 17 sau pe 18 iunie, returul fiind programat la Constanta, pe 24 sau pe 25 iunie.