Ministerul Educatiei a alocat universitatilor, pentru anul 2006-2007, doar 1.450 de locuri pentru doctorat cu finantare de la bugetul de stat. Unele universitati au ajuns sa mai aiba doar un sfert din numarul locurilor alocate in anii precedenti. Rectorii acuza Ministerul Educatiei ca, prin reducerea locurilor la doctorat, distruge potentialul de cercetare al tarii si ii obliga pe tineri sa plece la studii in strainatate.
Senatul Universitatii clujene "Babes-Bolyai" considera "inacceptabila" micsorarea numarului de locuri si sustine ca aceasta masura "forteaza multi tineri sa paraseasca tara pentru studii de doctorat si slabeste, in continuare, studiile de doctorat din tara".

In urma reducerii numarului de locuri finantate de la buget, "Politehnica din Bucuresti a ajuns sa aiba acum un sfert din doctoranzii pe care i-am avut, ceea ce inseamna o reducere la un sfert a potentialului de cercetare. Neavand doctoranzi, nu putem tine pasul cu principiile Declaratiei de la Bologna. La Politehnica nu am nici macar un doctorand la un conducator de doctorat", spune rectorul Ecaterina Andronescu. Rectorul Universitatii "Transilvania" din Brasov, Ion Visa, se confrunta cu aceeasi problema: "Am ajuns in situatia de a avea mai multi conducatori de doctorat decat doctoranzi. Cui sa-i dau doctoranzii? Pe ce criterii sa-i impart? In plus, dintre cei 52 de doctoranzi cu frecventa pe care imi e permis sa-i am in 2006-2007, doar jumatate vor primi bursa. Cerem ministerului ca toti doctoranzii cu frecventa sa primeasca bursa. Altfel cum sa-i tii? Pleaca din tara, se duc sa studieze in alta parte..."