Apogeul a fost atins in momentul in care s-a dat drumul la dosariada. Patriarhia a luat pozitie in legatura cu capitolul „Regimul comunist si cultele religioase” din Raport, constatand cu surprindere o abordare nestiintifica - renuntandu-se la principiul „fara ura si partinire”, fundamental pentru o cercetare istorica - si tendentioasa, formularea unor concluzii distorsionate si aprecieri care depasesc contextul temei studiate privind situatia Bisericii Ortodoxe Romane. Patriarhia Romana considera o astfel de abordare, intr-un document oficial, drept inacceptabila si neconforma cu adevarul istoric. In consecinta, s-a propus infiintarea unei comisii de istorici care sa studieze situatia Bisericii Ortodoxe Romane in perioada regimului comunist in vederea realizarii unui studiu complet si obiectiv pe aceasta tema. Astfel, in sedinta de lucru din luna februarie 2007, desfasurata sub presedintia Parintelui Patriarh Teoctist, Sf. Sinod a hotarat infiintarea unei Comisii de istorici, cu scopul realizarii unui studiu obiectiv asupra contextului istoric in care a supravietuit si pastorit Biserica Ortodoxa Romana in timpul regimului comunist. Se materializa, astfel, un demers necesar si foarte multe voci competente au sustinut ideea ca, in ciuda opozitiei belicoase a CNSAS-ului, ca biserica sa-si judece ea preotii. Comisia de istorici a Bisericii Ortodoxe Romane (BOR), infiintata la inceputul anului de catre Sfantul Sinod, pentru a studia relatia dintre biserica si regimul comunist, va cerceta si trecutul clericilor, a declarat purtatorul de cuvant al Patriarhiei, Constantin Stoica. “Se va spune si cine a colaborat cu Securitatea, si se va sublinia contextul”, a mai adaugat parintele Stoica iar rapoarte partiale ale comisiei vor fi publicate in lunile viitoare. Comisia BOR nu trebuie confundata cu CNSAS, a explicat Stoica, adaugand ca obiectivul sau principal este sa sublinieze contextul istoric si relatiile dintre biserica si regimul comunist. Aceasta comisie va lucra timp de trei ani si va prezenta periodic rezultatele studiului. Potrivit purtatorului de cuvant al Patriarhiei, prima comunicare a comisiei trebuia sa aiba loc in luna august, dar a fost anulata, din cauza trecerii la cele vesnice a Patriarhului Teoctist. Parintele Stoica a calificat scurgerile de informatii “venite pe surse” drept o decredibilizare a CNSAS. Acest gest este vazut de reprezentantul patriarhiei ca fiind “contrar legii si avand consecinte penale”. “Nu putem avea incredere in CNSAS”, a concluzionat acesta. Campania impotriva clericilor ortodocsi are ca scop umilirea Bisericii iar aceasta campanie duce la scaderea increderii in CNSAS.