Comisia de istorici desemnata de BOR sa dea o replica Raportului Tismaneanu si-a finalizat Raportul. Documentul, intitulat "Biserica Ortodoxa Romana in anii regimului comunist" incearca sa explice relatiile greco-catolicilor cu ortodocsii din timpul dictaturii comuniste si ia apararea patriarhilor Teoctist si Moisescu. Istoricii considera ca demolarea bisericilor nu a fost o prigoana impotriva Bisericii. In preambulul documentului se arata, ca Biserica, "in nici un caz nu poate accepta un tip de discurs care o transforma intr-o colaboratoare a regimului comunist, in singura institutie din Romania vinovata, alaturi de PCR".
Istoricii care au alcatuit Raportul BOR considera ca Biserica ortodoxa a fost inca din anii premergatori dictaturii o institutie "slaba", slabiciune datorata lipsei de resurse si mijloace, fapt care a fost cauzat in primul rand de factorul politic. Factorul economic a devenit ulterior un "veritabil cal troian in curtea BOR, masurile invocate au permis statului sa devina tot mai indraznet in tentativa de a con trola prin intermediul ministerului insarcinat cu rezolvarea problemelor cultelor o paleta tot mai larga din activitatile Bisericii, in virtutea faptului ca el finanteaza. Regimurile politice care au urmat dupa 1938 si-au adus propria contributie la cresterea controlului statului asupra Bisericii.", sustin istoricii BOR.

Politica interbelica de unificare cu greco-catolicii ar fi fost continuata de comunisti
Un alt aspect sensibil incriminat de Comisia Tismaneanu este cel al disparitiei cultului greco-catolic: "exploatandu-se sentimentul national in cazul Bisericilor „romanesti”, s-a adoptat solutia desfiintarii Bisericii Greco-Catolice si subordonarea Bisericii Ortodoxe. Acest "joc de rol" trasat de catre puterea comunista a fost prea putin observat in lucrarile istoriografice.(...) Prin urmare, faptul ca ierarhii ortodocsi nu au cunoscut temnitele comuniste se explica prin "scenariul" care le-a fost rezervat, diferit de cel al greco-catolicilor". Istoricii BOR apreciaza ca radacinile acestui scenariu se afla tot in perioada interbelica: "Deoarece Biserica Greco-Catolica era considerata mai periculoasa, in virtutea legaturilor ei cu Vaticanul, iar BOR mai usor de controlat prin mecanisme deja create de puterea politica in perioada interbelica, s-a considerat ca solutia cea mai buna pentru comunisti este inglobarea "de buna voie" a greco-catolicilor in cadrele BOR, iar aceasta din urma sa devina un simulacru, un ersatz religios, care aparent sa satisfaca nevoile religioase ale credinciosilor, dar in fapt sa fie o slujitoare obedienta a puterii. Iata cum in mod paradoxal comunistii romani deveneau legatarii dezbaterilor interbelice in chestiunea unificarii bisericesti, discursurile epocii fiind extrem de revelatoare in acest sens."