Nu putem incheia paginile despre Nae Ionescu fara a mentiona un alt domeniu gazetaresc pe care l-a reformat: publicistica teologica. Din ultima parte a secolului al XIX-lea exista la noi o literatura teologica influentata de spiritul universitar apusean, indeosebi catolic, care se manifesta in revistele de specialitate ale Bisericii. Aceasta era grevata de rationalism, indepartandu-se de traditia duhovniceasca a manastirilor noastre, intr-un cuvant de "traire".
Nae Ionescu si ucenicii sai au fost catalogati in epoca drept "trairisti". Pe de alta parte, articolele pe teme bisericesti din ziare, publicate in preajma celor mai importante sarbatori straine, nu depaseau un nivel sentimental, didactic-moralizator, propriu revistei "Semanatorul", conduse de N. Iorga. Spre deosebire de covarsitoarea majoritate a intelectualilor romani care se intorceau din strainatate convinsi ca Biserica noastra este impiedicata si inapoiata, iar credinta poporului inferioara catolicismului si protestantismului, Nae Ionescu s-a dovedit, inca din 1919, cand a revenit din Germania, un apologet fervent al Ortodoxiei. A scris numeroase articole pe aceasta tema in "Ideea europeana" (1919-1925), iar apoi in "Cuvantul", sub semnatura, unde sustinea rubrica intitulata "Duminica". In felul acesta, Nae Ionescu a facut apologetica ortodoxa sa coboare in strada si a dezbatut probleme de mare subtilitate teologica in ziar. Catolicii si catolicizantii din epoca au gasit in el un adversar redutabil. Concomitent, a introdus probleme duhovnicesti in prelegerile sale universitare, intr-o epoca in care pretutindeni, nu doar in Romania, era de bon ton in mediile intelectuale sa proclami suprematia "ratiunii" si a "progresului", ignorand sau negand existenta lui Dumnezeu.
Bucurestenii anilor '20 erau socati sa vada un conferentiar de filosofie, doctor al Universitatii din München, luand parte in mod regulat la Liturghia duminicala si ingenunchind la momentele consacrate ale slujbei. Nae Ionescu nu a ezitat sa combata sagunismul, coeficientul sau ridicat de laicitate si pe teologii ce recurgeau la argumente "stiintifice". Indignat ca patriarhul Miron Cristea l-a poftit la o masa, impreuna cu alte persoane, cu curcani fripti, in Postul Craciunului, Nae Ionescu, care nu bea nici un fel de alcool, a scris un articol in consecinta. Conflictul dintre el si primul nostru patriarh a escladat pana acolo incat Miron Cristea l-a pus pe pictorul Belizarie, care a restaurat fresca din pridvorul catedralei Sf. Constantin si Elena, sa-l zugraveasca pe filosof - lucru vizibil si astazi - sub infatisarea unui demon cu obraji uscati si sprancene stufoase arcuite.
Cand Mircea Eliade a intocmit antologia "Roza vanturilor", a recurs la concursul unui discipol al lui Nae Ionescu cu diploma in teologie, pentru selectia catorva articole, unele devenite titluri de referinta precum "Juxta Crucem", "Si s-a facut om", "Ortodoxie", "Sa marturisim Pastele!". Gheorghe Racoveanu, teolog remarcabil, care a ales articolele bisericesti ale magistrului sau, refugiat in 1940 in Germania, va scoate acolo, in conditii modeste, "Cuvantul in exil". Sub titlul "Indreptar Ortodox", in 1957, la Wiesbaden, un alt ucenic, caruia Nae Ionescu ii pusese nota zece in carnet la examen fara sa-l asculte "pentru ca sa nu isi inchipuie ca stie ceva", a reunit intr-o antologie 45 de articole teologice ale profesorului.
Nae Ionescu a marturisit o Ortodoxie pura si dura in paginile ziarului "Cuvantul" in perioada 1926-1933, intervenind drastic in probleme bisericesti de mare importanta precum revizuirea calendarului, reorganizarea bisericeasca din 1919 sau infiintarea Facultatii de Teologie de la Chisinau. A combatut prozelitismul neoprotestant interbelic in articole, a elogiat volumul pastoral "Piatra din capul unghiului", semnat de Gala Galaction, si s-a definit pe sine "teolog nespecialist". Cazul sau este comparabil cu acela al lui Alexei Homiakov, alt teolog "nespecialist" notoriu, care obisnuia sa spuna ca Biserica Ortodoxa nu recurge la avocati; avocatii Ei sunt insisi credinciosii.
Dupa suspendarea ziarului "Cuvantul", la 1 ianuarie 1934, Nae Ionescu a semnat noua editoriale, in cursul anului 1937, in paginile unei stralucite reviste "de critica ortodoxa", intitulata "Predania", editata la Craiova de Gheorghe Racoveanu. Si aceste texte, intre care "Ce este Predania?", "Biserica, Stat, Natiune", "Si totusi catolicismul este iantual", au devenit celebre. In acel an 1937, parintele Dumitru Staniloae a fost desemnat sa polemizeze cu Nae Ionescu, in "Telegraful roman", acuzandu-l de... protestantism. Nae Ionescu n-a raspuns, dar a incins cu acel prilej in presa vremii o polemica teologica la care au participat mai multi publicisti mireni. Tot in anii '30, Nae Ionescu a sustinut la universitate un curs despre Protestantism si un altul intitulat "Filosoful Catolicismului". Spre sfarsitul vietii a intentionat sa scrie o Logica Ortodoxa, proiect fara precedent. N-a mai apucat sa faca lucrul acesta. Tinuse insa un curs de Filosofia religiei. Mircea Eliade a marturisit in mai multe randuri ca Nae Ionescu l-a sfatuit sa se ocupe de Istoria religiilor, iar Mircea Vulcanescu, dintre discipoli, a avut cele mai sistematice preocupari publicistice si eseistice pe linia autenticei Ortodoxii. In 1937, cand saptamanalul "Vremea" a consacrat doua pagini de revista antologiei cu articole de Nae Ionescu, Emil Cioran, referindu-se la profesorul sau, spunea ca "parca s-a ratacit un plans de clopote intr-un tratat de Logica". Doi ani mai tarziu, pe cand Nae Ionescu se afla in lagarul de la Miercurea Ciuc, acelasi Cioran ii scrie din Paris lui Mircea Eliade, pe o carte postala, ca abia asteapta sa vina in tara ca sa se delecteze cu mancaruri "pregatite cu sarea scoasa din ocna de Nae Ionescu".
Parintele Arsenie Papacioc, care a stat in acelasi lagar cu filosoful, il evoca in anul 2003 in urmatorii termeni: "Cel mai mare intelectula crestin, singurul care-l avea pe Hristos la baza activitatii, a operei, a creatiei lui. Asta era Nae Ionescu."